Целью проекта «Сохраним Байкал» была и остаётся разработка комплексных программ по охране природы и рекреационного планирования, способных приводить к эффективному управлению природными территориями и своевременным управленческим решениям; продвижение экологических знаний, навыков и технологий, укрепление института общественных инспекторов и старост малых поселений, вовлечение населения в решение экологических и социально-значимых проблем, тиражирование успешных практик, как в Байкальском регионе, так и на других территориях РФ.